På Højvangskolen dækker mellemtrinnet over 4.-6. årgang, men da 6. årg. fysisk er placeret i samme afdeling som 7.-9. årgang, er der i hverdagen et tættere tilhørsforhold mellem henholdsvis 4. og 5. årgang samt 6. og 7. årgang.
4. og 5. årgangs klasselokaler er placeret i Hus A, hvor de ligger ud til fællesrummet. I Hus A er der fælles morgensang en gang om ugen i fællesrummet.
På mellemtrinnet får eleverne nye fag, som de ikke har haft i indskolingen. Her begynder eleverne at have tysk. På 4. og 5. årgang har eleverne svømning. Årgangen deles i to, så den ene halvdel har svømning fra sommerferien til juleferien, mens resten af årgangen har idræt. Efter juleferien bytter holdene.
På 6. årgang arbejder eleverne på tværs af årgangen i deres praktisk-musiske fag. Her arbejder de med et større fælles projekt: Skolekomedie. Til skolefesten i marts fremfører eleverne fra 6. årgang skuespillet for elever og forældre fra 0.-6. årgang.